安装SSL证书虽然对网站安全至关重要，但也存在一些缺点和挑战，具体包括：

1. 证书费用：获取SSL证书需要一定的费用，尤其是高质量的证书。虽然存在免费的SSL证书，但出于安全和信任度的考虑，并不推荐使用免费证书。
2. 混合模式问题：如果网站在实施SSL时未正确设置，导致部分内容通过HTTPS提供，而其他内容通过HTTP提供，用户在浏览器中会收到警告消息，提示部分数据未受保护，这可能会造成用户困惑。
3. 代理缓存问题：对于设置了复杂代理缓存系统的Web服务器，加密内容无法被缓存，需要额外配置以处理加密后的内容，这可能增加成本。
4. 配置复杂性：首次实施SSL可能需要更改内部软件或购买其他模块，对于非基于Web的应用程序来说，设置可能会比较复杂和痛苦。
5. 技术门槛：许多CA厂商不提供SSL证书的安装配置服务，需要站长自行部署，包括生成CSR文件、提交、证书安装测试等步骤，存在一定的技术门槛。
6. 证书有效期限制：免费SSL证书的有效期较短，通常只有三个月，到期后需要重新申请，比较麻烦。
7. 加密程度：相比付费SSL证书，免费SSL证书的加密程度较弱，通常只有DV（域名验证）级别的证书，而付费SSL证书提供DV、OV（组织验证）、EV（扩展验证）等多种类型的证书，加密程度更高。
8. 售后服务问题：免费SSL证书没有保险金，一旦出现问题无法获得赔偿，而付费SSL证书通常有高额赔偿金，并提供安装帮助。
9. 性能影响：虽然现代服务器性能已经大大提高，但SSL/TLS加密和解密过程仍可能对服务器性能产生一定影响，尤其是在处理大量并发连接时。
10. 用户体验：如果SSL证书安装不当或证书不被浏览器信任，用户可能会遇到安全警告，影响用户体验和网站信任度。

综上所述，虽然安装SSL证书存在一些缺点和挑战，但其在提升网站安全性、保护用户数据和提升网站信任度方面的重要性远大于这些潜在的问题。因此，对于大多数网站而言，安装SSL证书是维护网络安全和业务信誉的必要措施。